目的
熱安定化変異体予測装置、熱安定化変異体予測方法、および、プログラムを提供する。
効果
アミノ酸配列に基づいて構造最適化を伴った膜貫通部位における、一次構造から三次構造形成まで或いは二次構造から三次構造形成までの溶媒和エントロピー変化を計算し、膜タンパク質における溶媒和エントロピー変化と、アミノ酸変異体における溶媒和エントロピー変化との差分に基づいて、熱安定化させるアミノ酸変異体の候補を抽出するので、膜タンパク質において熱安定化させるアミノ酸変異をコンピュータにて予測することができる。
技術概要
アミノ酸置換による膜タンパク質の溶媒和エントロピー変化を予測する、記憶部と制御部とを備えた予測装置において、
上記記憶部は、
上記膜タンパク質のアミノ酸配列を記憶し、
上記制御部は、
上記膜タンパク質の上記アミノ酸配列にアミノ酸変異を導入することにより、アミノ酸変異体のアミノ酸配列を生成する変異導入手段と、
上記各アミノ酸変異体について、上記アミノ酸配列に基づいて、重原子を固定してミニマイズし、つぎに、Ｃα炭素およびＣβ炭素を固定してミニマイズし、最後に、固定なしでミニマイズすることにより、段階的に拘束を外しながら膜貫通部位に対する構造最適化を行い、上記膜貫通部位における、一次構造から三次構造形成まで或いは二次構造から三次構造形成までの溶媒和エントロピー変化を計算する計算手段と、
を備えたことを特徴とする予測装置。
基本情報
開放特許情報
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登録者情報
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