目的
大量のショートリードの中から、高速に、編集距離または最大ギャップ（挿入および欠損の総和の閾値）が所定の範囲内にあるショートリードのペアを探索することができる配列解析装置の提供を目的とする。
効果
等価クラス生成部から等価クラスとして報告された塩基配列の集合によってできるすべてのペアの中には、編集距離がｄ以下であるペアがもれなく含まれているので、計算コストを削減した上で、所定の編集距離以内にあるすべてのペアを見つけ出すことができる。
技術概要
配列解析装置は、複数の塩基配列の中から、所定範囲内にある塩基配列のペアを探索する装置である。 配列入力部は、探索対象の複数の塩基配列を入力する。 条件入力部は、編集距離ｄと、複数の塩基配列を対応する部分配列ごとに比較する処理で用いる処理単位をブロックとし、塩基配列を何ブロックに分割するかを示す分割数を決定する数値ｎまたは分割数（ｄ＋ｎ）を入力する。 等価クラス生成部は、複数の塩基配列の各々を分割数（ｄ＋ｎ）個に分割して（ｄ＋ｎ）個のブロックを生成し、その中から選んだｎ個のすべてのブロックについて、当該ブロックから読み出した部分配列、または、編集距離ｄによって定まる最大オフセットの範囲内で、読出し範囲を特定する窓枠を当該ブロックからオフセットさせて読み出した部分配列が一致するという条件を満たす塩基配列の集合を、等価クラスとして報告する。 類似判定部は、等価クラス生成部から報告された等価クラス内の塩基配列のペアについて、編集距離を計算して、計算によって編集距離ｄ以内であると計算されたペアを示すデータを出力する。
基本情報
開放特許情報
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登録者情報
その他の情報
